Ein früher Geist des Wandels
Bereits im Jahr 1520 wehte der Geist des Wandels durch St. Margrethen: Der aus Rorschach stammende Pfarrer Gregor Heer trat unter dem direkten Einfluss der Reformatoren Huldrych Zwingli und Joachim Vadian früh für den neuen Glauben ein.
Anfang 1529 wurde die Reformation im Grenzdorf schliesslich offiziell eingeführt. Doch der Weg dorthin war äusserst steinig: Nach den Wirren der Kappeler Kriege mussten die Pfründgüter und das Pfarrhaus wieder an die Katholiken zurückgegeben werden. Dem evangelischen Pfarrer wurde fortan nur noch eine bescheidene Behelfswohnung zugewiesen.
Schwere Konflikte und siebzehn Pfarrer
Die Folgezeit war von schweren, langwierigen Konflikten geprägt. Da das Recht zur Besetzung der Pfarrstelle (Kollaturrecht) weiterhin bei der Abtei St. Gallen lag, kam es zu ständigen Misshelligkeiten über die freie Ausübung des evangelischen Gottesdienstes.
Die Spannungen im Ort waren zeitweise so gewaltig, dass die Pfarrstelle in der turbulenten Zeit zwischen 1610 und 1635 sage und schreibe siebzehnmal neu besetzt werden musste.
„Siebzehn Pfarrerwechsel in 25 Jahren – ein bewegtes Zeugnis für den unwegsamen Kampf um Glaubensfreiheit im Rheintal.“
Gemeinsamer Wiederaufbau trotz Zerrissenheit
Trotz dieser tiefen konfessionellen Zerrissenheit rafften sich beide Seiten im Jahr 1664 schliesslich zusammen: In einer gemeinsamen Kraftanstrengung stellten sie das baufällig gewordene „alte Kirchlein“ wieder her.
Dank grosszügiger finanzieller Hilfe auswärtiger Bürger und befreundeter evangelischer Kantone gelang es den Reformierten kurz darauf auch, im Jahr 1682 ein eigenes, repräsentatives Pfarrhaus zu erbauen.
Der endgültige Befreiungsschlag von 1806
Der endgültige Befreiungsschlag für die evangelische Gemeinde folgte im Jahr 1806. Mit tatkräftiger Unterstützung von auswärts und den freiwilligen Beiträgen der lokalen Gemeindeglieder errichteten die Evangelischen ihre eigene, eigenständige Kirche.
Damit endete die jahrhundertelange, oft konfliktgeladene Doppelnutzung des mittelalterlichen Gotteshauses. Das „alte Kirchlein“ konnte ab diesem historischen Moment vollständig und friedlich an die katholische Gemeinde übergeben werden.